Ochrona gatunkowa ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony gatunków roślin, zwierząt i grzybów dziko występujących na terenie kraju lub innych państw członkowskich Unii Europejskiej, rzadkich, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie przepisów umów międzynarodowych, których Rzeczpospolita Polska jest stroną oraz ich siedlisk i ostoi, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.

Gatunki roślin, grzybów i zwierząt objętych ochroną zostały określone odpowiednio w następujących aktach wykonawczych do ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody:
- rozporządzenie Ministra Środowiska w sprawie ochrony gatunkowej roślin;
- rozporządzenie Ministra Środowiska w sprawie ochrony gatunkowej grzybów;
- rozporządzenie Ministra Środowiska w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt.

W wyżej wymienionych rozporządzeniach są określone gatunki roślin, grzybów i zwierząt: objęte ochroną ścisłą, z wyszczególnieniem gatunków wymagających ochrony czynnej; objęte ochroną częściową; objęte ochroną częściową, które mogą być pozyskiwane, oraz sposoby ich pozyskiwania. Wskazane są również gatunki roślin i grzybów wymagających stref ochrony ich ostoi lub stanowisk oraz gatunki zwierząt wymagających ustalenia stref ochrony ostoi, miejsc rozrodu lub regularnego przebywania. Określone są sposoby ochrony gatunków, w tym wielkość stref ochrony. Ponadto wymienione są właściwe dla poszczególnych gatunków lub grup gatunków roślin, grzybów i zwierząt zakazy wybrane spośród zakazów, o których mowa w art. 51 ust. 1 i 1a oraz 52 ust. 1 i 1a ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody, a także odstępstwa od zakazów wybrane spośród odstępstw, o których mowa w art. 51 ust. 2 i 52 ust. 2 przywołanej wyżej ustawy.

Regionalny dyrektor ochrony środowiska na obszarze swojego działania może zezwolić w stosunku do gatunków objętych ochroną na czynności podlegające zakazom określonym w art. 56 ust. 2 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody. Zezwolenie wydaje się na wniosek spełniający warunki określone w art. 56 ust. 6 przywołanej ustawy. W myśl ww. ustawy zezwolenie może zostać wydane w przypadku:

- braku rozwiązań alternatywnych,
- jeżeli nie jest to szkodliwe dla zachowania we właściwym stanie ochrony dziko występujących populacji chronionych gatunków roślin, grzybów lub zwierząt oraz,
- gdy zachodzi jedna z przesłanek wymienionych w art. 56 ust. 4 pkt 1-7, z zastrzeżeniem ust. 4a, 4b, 4c, 4d i 5. 

Ponadto regionalny dyrektor ochrony środowiska może zezwolić na obszarze swojego działania, na czas określony, nie dłuższy niż 5 lat, w drodze aktu prawa miejscowego w formie zarządzenia, w stosunku do bobra europejskiego, kormorana czarnego oraz czapli siwej, na czynności podlegające zakazom określonym w art. 52 ust. 1 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody.  Zarządzenie, o którym mowa wyżej, może być wydane w przypadku braku rozwiązań alternatywnych, jeżeli czynności, których dotyczy zarządzenie, nie są szkodliwe dla zachowania we właściwym stanie ochrony dziko występujących populacji gatunków objętych zarządzeniem oraz leży to w interesie zdrowia lub bezpieczeństwa powszechnego lub:

1)      w przypadku kormorana czarnego oraz czapli siwej - wynika to z konieczności ograniczenia poważnych szkód w odniesieniu do lasów, rybostanu lub wody;
2)      w przypadku bobra europejskiego - wynika to z konieczności ograniczenia poważnych szkód w odniesieniu do upraw rolnych, inwentarza żywego, lasów, rybostanu, wody lub innych rodzajów mienia.
W przypadku kormorana czarnego oraz czapli siwej, zarządzenie dotyczy wyłącznie terenu stawów rybnych uznanych za obręby hodowlane na podstawie decyzji marszałka województwa, o której mowa w art. 15 ust. 2b ustawy z dnia 18 kwietnia 1985 r. o rybactwie śródlądowym.

W celu ochrony ostoi i stanowisk roślin lub grzybów objętych ochroną gatunkową lub ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową regionalny dyrektor ochrony środowiska może ustalać strefy ochrony w drodze decyzji administracyjnej, na podstawie art. 60 ust. 3 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody.

Zgodnie z art. 58 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody regionalny dyrektor ochrony środowiska do dnia 31 marca każdego roku przekazuje Generalnemu Dyrektorowi Ochrony Środowiska informację za rok poprzedni w sprawie przypadkowego schwytania lub zabicia zwierząt gatunków objętych ochroną ścisłą oraz wydry. Każdy, kto przypadkowo schwytał lub zabił zwierzę gatunku objętego ochroną ścisłą lub wydrę, lub instytucja państwowa, która się o tym dowiedziała, niezwłocznie zawiadamia o tym właściwego regionalnego dyrektora ochrony środowiska.

Każdy kto bez zezwolenia lub wbrew jego warunkom narusza zakazy w stosunku do roślin, zwierząt lub grzybów objętych ochroną gatunkową, podlega karze aresztu albo grzywny. Orzekanie w sprawach naruszenia zakazów obowiązujących w stosunku do gatunków roślin, zwierząt lub grzybów następuje na podstawie ustawy z dnia 24 sierpnia 2001 r. Kodeks postępowania w sprawach o wykroczenia.

Wzory wniosków w sprawach z zakresu ochrony gatunkowej, dla których Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Warszawie posiada kompetencje do zajęcia stanowiska lub podjęcia działań, znajdują się na stronie Biuletynu Informacji Publicznej (BIP) RDOŚ w Warszawie, pod adresem: http://bip.warszawa.rdos.gov.pl/wnioski. Dotyczą one m.in.:
- wydania zezwolenia na czynności podlegające zakazom w stosunku do dziko występujących lub innych niż dziko występujących gatunków zwierząt objętych ochroną;
- wydania zezwolenia na czynności podlegające zakazom w stosunku do dziko występujących lub innych niż dziko występujących gatunków roślin lub grzybów objętych ochroną;
- zgłoszenia przypadkowego schwytania, zabicia lub znalezienia martwego lub rannego osobnika gatunku: wilk, ryś, żubr;
- zgłoszenia przypadkowego schwytania, zabicia lub znalezienia martwego zwierzęcia objętego ochroną innego niż wilk, ryś, żubr - np. ptaki chronione - wraz z dokumentacją fotograficzną;